השקיה היא אחת ממשימות הניהול העיקריות של צמחי בונסאי. השקיה נראית פשוטה, אבל לא קל להשקות אותה בדיוק כמו שצריך. ההשקיה צריכה להתבצע בהתאם למין הצמחים, לשינויי העונה, לתקופת הצמיחה, תקופת הפריחה, תקופת התרדמה ותנאי מזג האוויר של הצמח. שליטה בזמן ובכמות ההשקיה חשובה מאוד לצמיחת הצמחים. מותם של כמה צמחי בונסאי קשור ישירות להשקיה לא נכונה.

בנוסף לאספקת מים וחומרי הזנה לעציצים, אדמת העציצים שומרת גם על נשימת אוויר תקינה של הצמחים. כאשר אדמת העציץ כוללת לחות מספקת, חלקיקי האדמה מתרחבים, סוחטים את האוויר במרווחים בין החלקיקים, וגורמים לחוסר אוויר באדמת העציץ; כאשר אדמת העציץ יבשה או יבשה יחסית, חלקיקי האדמה מתכווצים, הנפח הופך קטן יותר, ושוב מופיעים פערים בין החלקיקים. הרווחים מתמלאים באוויר.

כאשר האדמה מתחלפת בין יבשה לרטובה, גם האוויר באדמת העציץ מסתובב ברציפות, ומאפשר לשורשי הצמח לנשום כרגיל. לאחר כל השקיה, שורשי הצמח יוכלו לסבול תוך פרק זמן קצר את חוסר החמצן באדמת העציץ. עם זאת, אם אדמת העציץ רטובה מדי במשך זמן רב, וכתוצאה מכך חוסר חמצן לטווח ארוך, זה יגרום לשחיקת שורשים ומחלות אחרות; אם האדמה יבשה לאורך זמן, למרות שיש מספיק חמצן באדמת העציץ, הצמחים לא יכולים לספוג מים לאורך זמן, מה שגם פוגע בצמיחת הצמחים ואף עלול לגרום למותם. לכן, כאשר משקים צמחי בונסאי, יש לפעול לפי העיקרון של "לא להשקות אותם כשהם יבשים, להשקות אותם היטב".

השקיה לא מספקת והתייבשות של צמחים תגרום לנבול ולצניחה של הזרדים, והעלים לקמול, להצהיב ולנשור. במקרה של מינים מחטניים, המחטים יהפכו לרכות ויאבדו את התחושה החזקה והעוקצנית שלהן. כאשר מחסור במים חמור, קליפת הענפים מתכווצת כמו עור אווז. אם אתה נתקל במצב זה בקיץ, אתה צריך להעביר מיד את הצמח למקום מוצל. לאחר ירידת הטמפרטורה, יש לרסס מים על העלים תחילה, לאחר מכן לשפוך מעט מים לסיר, ולאחר מכן לשפוך את המים ביסודיות לאחר שעה.

לצמחים מיובשים קשים יש להקפיד לא להשקות מספיק בבת אחת, כי כאשר הצמח מיובש קשות, קליפת השורש הצטמקה והיא קרובה לקסלם. במידה ומסופקת לפתע כמות גדולה של מים, מערכת השורשים תתרחב עקב ספיגה מהירה של מים, מה שגורם לקריעת קליפת המוח, מה שמוביל למות הצמח, ולכן צריך להיות תהליך הסתגלות הדרגתי. לאחר שהצמחים שממש מחסור במים עוברים את הטיפול הנ"ל, עדיף לשמור אותם מתחת לסככת צל למשך מספר ימים, ולאחר מכן לטפח אותם בשמש לאחר שהם חזקים. עם זאת, אין להשקות יתר על המידה. בנוסף לגדילה תלולה של הצמחים, להשפיע על צורת העץ וערך הנוי, השקיית יתר עלולה גם לגרום בקלות לרקבון שורשים ולמוות. עציצי בונסאי מיניאטוריים דורשים פחות אדמה ולכן חשוב במיוחד להשקות אותם בזמן הנכון ובכמות הנכונה.