השקיה היא אחת ממשימות הניהול העיקריות לצמחי בונסאי. השקיה נראית פשוטה, אך לא קל להשקות אותה בדיוק כמו שצריך. יש לבצע השקיה על פי מיני הצמח, שינויים עונתיים, תקופת הגידול, תקופת הפריחה, תקופת הרדמה ותנאי מזג האוויר של הצמח. שליטה על זמן ההשקיה והכמות חשובה מאוד לצמיחת הצמחים. מותם של כמה צמחי בונסאי קשור ישירות להשקיה לא תקינה.

בנוסף לאספקת מים וחומרים מזינים לעציצי עציצים, אדמת הסיר שומרת גם על נשימת האוויר הרגילה של הצמחים. כאשר לאדמת הסיר יש לחות מספקת, חלקיקי האדמה מתרחבים, סוחטים את האוויר בפערים שבין החלקיקים, וגורמים לחוסר אוויר באדמת הסיר; כאשר אדמת הסיר יבשה או יבשה יחסית, חלקיקי האדמה מתכווצים, הנפח הופך להיות קטן יותר, והפערים בין החלקיקים מופיעים שוב. הפערים מלאים באוויר.

ככל שהאדמה משתנה בין יבש לרטוב, האוויר באדמת הסיר מסתובב ברציפות, ומאפשר לשורשי הצמח לנשום כרגיל. לאחר כל השקיה, שורשי הצמח יוכלו לסבול את חוסר החמצן באדמת הסיר תוך פרק זמן קצר. עם זאת, אם אדמת הסיר רטובה מדי זמן רב, וכתוצאה מכך חוסר חמצן לטווח הארוך, היא תגרום לשחיקת שורש ולמחלות אחרות; אם האדמה יבשה במשך זמן רב, אם כי יש חמצן מספיק באדמת הסיר, הצמחים אינם יכולים לספוג מים במשך זמן רב, וזה גם פוגע בגידול הצמחים ואף עלול לגרום להם למות. לכן, כאשר השקיית צמחי בונסאי, יש לעקוב אחר העיקרון של "אל תשקים אותם כשהם יבשים, להשקות אותם ביסודיות".

לא מספיק השקיה והתייבשות של צמחים יגרמו לזרזים להתנפנף ולזרוק, והעלים נבלים, הופכים לצהובים ונופלים. במקרה של מינים מחטניים, המחטים יהפכו לרכות ויאבדו את התחושה החזקה והדוקנית שלהם. כאשר מחסור במים חמור, קליפת המוח של הענפים מתכווצת כמו גושי אווז. אם אתה נתקל במצב זה בקיץ, עליך להעביר את הצמח מייד למקום מוצל. לאחר ירידת הטמפרטורה, ריססו תחילה מים על העלים, ואז שפכו מעט מים לסיר ואז שפכו את המים היטב לאחר שעה.

עבור צמחים מיובשים קשות, הקפידו לא להשקות מספיק בבת אחת, מכיוון שכאשר הצמח מיובש קשות, קליפת השורש התכווצה וקרובה לקסילם. אם תסופק פתאום כמות גדולה של מים, מערכת השורשים תתרחב בגלל ספיגה מהירה של מים, ותגרום לקרע של קליפת המוח, מה שיוביל למות הצמח, ולכן צריך להיות תהליך הסתגלות הדרגתי. לאחר שהצמחים שקצרים ברצינות מים עוברים את הטיפול לעיל, עדיף לשמור עליהם תחת סככת צל למשך מספר ימים, ואז לטפח אותם בשמש לאחר שהם חזקים. עם זאת, אל תסתכלו על פני מים יתר. בנוסף לגרימת הצמחים לצמוח בצורה תלולה, המשפיעים על צורת העץ וערך נוי, השקיה מופרזת יכולה גם לגרום להירקב שורש ולמוות. סירי בונסאי מיניאטוריים דורשים פחות אדמה, ולכן חשוב במיוחד להשקות אותם בזמן הנכון ובכמות הנכונה.