השקיה היא אחת ממשימות הניהול העיקריות של צמחי בונסאי. השקיה נראית פשוטה, אך לא קל להשקות אותה בצורה נכונה. יש לבצע את ההשקיה בהתאם למין הצמח, לשינויים עונתיים, לתקופת הצמיחה, לתקופת הפריחה, לתקופת התרדמה ולתנאי מזג האוויר של הצמח. שליטה בזמן ובכמות ההשקיה חשובה מאוד לצמיחת הצמחים. מותם של חלק מצמחי הבונסאי קשור ישירות להשקיה לא נכונה.

בנוסף לאספקת מים וחומרים מזינים לצמחי עציצים, אדמת העציץ גם שומרת על נשימת אוויר תקינה של הצמחים. כאשר באדמת העציץ יש מספיק לחות, חלקיקי האדמה מתרחבים, סוחטים את האוויר ברווחים שביניהם, וגורמים לחוסר אוויר באדמת העציץ; כאשר אדמת העציץ יבשה או יבשה יחסית, חלקיקי האדמה מתכווצים, הנפח קטן יותר, והמרווחים בין החלקיקים מופיעים שוב. הרווחים מתמלאים באוויר.

כאשר האדמה משתנה בין יבשה לרטובה, האוויר באדמת העציץ גם הוא מסתובב ברציפות, מה שמאפשר לשורשי הצמח לנשום כרגיל. לאחר כל השקיה, שורשי הצמח יוכלו לסבול את חוסר החמצן באדמת העציץ תוך פרק זמן קצר. עם זאת, אם אדמת העציץ רטובה מדי למשך זמן רב, וכתוצאה מכך חוסר חמצן לטווח ארוך, הדבר יגרום לשחיקת שורשים ולמחלות אחרות; אם האדמה יבשה למשך זמן רב, למרות שיש מספיק חמצן באדמת העציץ, הצמחים לא יוכלו לספוג מים למשך זמן רב, דבר שפוגע גם הוא בצמיחת הצמחים ואף עלול לגרום למותם. לכן, בעת השקיית צמחי בונסאי, יש לפעול לפי העיקרון של "אל תשקו אותם כשהם יבשים, השקו אותם היטב".

השקיה לא מספקת והתייבשות של צמחים יגרמו לענפים לנבול ולצנוח, ולעלים לנבול, להצהיב ולנשור. במקרה של מיני עצים מחטניים, המחטים יתרככו ויאבדו את תחושתן החזקה והקוצנית. כאשר מחסור חמור במים, קליפת הענפים מתכווצת כמו עור ברווז. אם נתקלים במצב זה בקיץ, יש להעביר את הצמח מיד למקום מוצל. לאחר ירידת הטמפרטורה, יש לרסס מים תחילה על העלים, לאחר מכן לשפוך מעט מים לעציץ, ולאחר שעה יש לשפוך את המים היטב.

עבור צמחים מיובשים מאוד, יש לוודא שלא להשקות מספיק בבת אחת, מכיוון שכאשר הצמח מיובש מאוד, קליפת השורש מתכווצת וקרובה לעצה. אם כמות גדולה של מים מסופקת לפתע, מערכת השורשים תתרחב עקב ספיגה מהירה של מים, מה שיגרום לקליפת המוח להיקרע ולמות הצמח, ולכן יש צורך בתהליך הסתגלות הדרגתי. לאחר שצמחים הסובלים ממחסור חמור במים עוברים את הטיפול הנ"ל, עדיף לשמור אותם תחת סככה מוצלת למשך מספר ימים, ולאחר מכן לגדל אותם בשמש לאחר שיתחזקו. עם זאת, אין להשקות יתר על המידה. בנוסף לגרימת צמיחה תלולה של הצמחים, המשפיעה על צורת העץ ועל ערך הנוי, השקיה מוגזמת עלולה גם לגרום בקלות לריקבון שורשים ולמוות. עציצים מיניאטוריים של בונסאי דורשים פחות אדמה, ולכן חשוב במיוחד להשקות אותם בזמן הנכון ובכמות הנכונה.